Если не нужна обработка пустых строк,, то есть хорошая готовая функция, удаляющая пустые записи и возвращающая массив строк, пример
function split_textarea(){
var lines = $('#text').val().replace(/^[\n\r]+|[\n\r]+$/g,'').split(/[\n\r]+/);
alert(lines[0]);
alert(lines[1]);
return lines;
}alert показаны для примера, в рабочем коде они не нужны